冷凍干燥主要分為兩種：空氣冷凍干燥和真空冷凍干燥?？諝饫鋬龈稍锸峭ㄟ^制冷設備將壓縮空氣冷卻到一定的露點溫度后析出相應所含的水分，并通過分離器進行氣液分離，再通過自動排水閥將水排出，從而使壓縮空氣獲得所需要的干燥露點。一般工藝流程包括空氣流程、冷媒流程、預冷凍階段、升華干燥階段和真空冷凍干燥。

在空氣冷凍干燥過程中，壓縮空氣由空氣入口進入預冷冷卻器進行初步冷卻，流入制冷系統蒸發器，由制冷系統進一步冷卻。冷卻后的壓縮空氣經氣水分離器，冷凝水由自動排水器排出，干燥冷卻的壓縮空氣再回到熱交換器進行回溫，通過空氣出口離開冷凍式干燥機。

在真空冷凍干燥過程中，將含水物料冷凍到冰點以下，使水轉變為冰，然后在較高真空下將冰升華而除去。升華生成的水蒸氣借冷凝器除去。升華過程中所需的汽化熱量，一般用熱輻射供給。一般工藝流程包括儀器選擇冷凍干燥機、預冷凍階段、升華干燥階段和真空冷凍干燥。

真空冷凍干燥是冷凍干燥的其中一種方法，但由于真空冷凍干燥應用更為廣泛，尤其在學校和科研單位，所以經常將冷凍干燥與真空冷凍干燥混為一談。